Η πόλη των Ιωαννίνων, όπως επίσης και η λίμνη υπήρχαν από αμνημονεύτων χρόνων, επηρεάζοντας τους ανθρώπους που κατοικούσαν γύρω τους. Παρ’ όλο που δε γίνεται αναφορά για τη λίμνη από τους αρχαίους συγγραφείς, υπάρχουν αρκετές γραπτές μαρτυρίες από τους βυζαντινούς χρόνους. Επίσης υπάρχουν ιστορικά δεδομένα και ενθυμήσεις μεταβυζαντινών εκκλησιαστικών βιβλίων που δείχνουν το ρόλο που διαδραμάτισε η λίμνη σε διάφορα ιστορικά γεγονότα και το πώς οδήγησε τους ανθρώπους που ζούσαν γύρω από αυτή να πλάσουν διάφορες ιστορίες. Η πόλη των Ιωαννίνων, που περιοριζόταν παλαιότερα μέσα στο σημερινό Κάστρο, βρέθηκε το 1379 μ.Χ. σε μεγάλο κίνδυνο από επιδρομή Αλβανών. Την εξουσία την είχε τότε ο Σέρβος ηγεμόνας Θωμάς Πρελούμπος, ο οποίος ήταν γνωστός για την αγριότητα και το βίαιο χαρακτήρα του. Οι Αλβανοί επιδρομείς επιχειρούσαν συνεχώς να καταλάβουν το Κάστρο των Ιωαννίνων, χωρίς όμως να τα καταφέρουν. Κατά τις επιθέσεις τους αυτές λυμαίνονταν όλα τα χωριά της Γιαννιώτικης κοιλάδας και προξενούσαν μεγάλες καταστροφές, καθώς επέστρεφαν άπρακτοι από τις εξορμήσεις τους. Μια άλλη ομάδα Αλβανών, οι Μαλακάσιοι, οι οποίοι ήταν μίγμα «Αλβανών, Βλάχων, Ελλήνων και Βουλγάρων», είχαν καταλάβει τότε τη Θεσσαλία και κατοικούσαν στις απρόσιτες βουνοκορφές της Πίνδου, ανάμεσα στα σημερινά όρια Ηπείρου- Μακεδονίας- Θεσσαλίας. Το ιστορικό χρονικό της πρώτης «ναυμαχίας» στη λίμνη, έχει ως εξής: Ο Διοικητής των Επτανήσων ύστερα από εντολή της βασίλισσας της Νεάπολης επιτέθηκε εναντίον της Άρτας, χωρίς ωστόσο να κατορθώσει να την καταλάβει. Οι Αλβανοί, υπό το Γιάννη Σπάτα, που πήραν μέρος στην άμυνα της Άρτας, θέλησαν να γυρίσουν στην πατρίδα τους γεμάτοι λάφυρα. Κατά την επιστροφή όμως έπρεπε να περάσουν αναγκαστικά από την πόλη των Ιωαννίνων, όπου κυριαρχούσε ο Θωμάς. Όταν ο τύραννος έμαθε ότι από την πόλη του θα διέρχονταν Αλβανοί φορτωμένοι με λάφυρα, τους αιφνιδίασε και τους άρπαξε τα πάντα, αιχμαλωτίζοντας τους περισσότερους από αυτούς και μεταφέροντάς τους στις φυλακές στο Κάστρο. Ύστερα από την ενέργειά του αυτή, οι ομόφυλοί τους Μαλακάσιοι, εκστράτευσαν εναντίον του Θωμά και άρχισαν πολιορκία στο Κάστρο των Ιωαννίνων. Συγκεκριμένα, μια ομάδα Μαλακάσιων κινήθηκε με καΐκια από το Πέραμα προς το Κάστρο και με προδοσία κατάφεραν να περάσουν μέσα στο Κάστρο και να καταλάβουν την Ακρόπολη που ήταν το σημαντικότερο οχυρό. Μια άλλη ομάδα, με άλλα καΐκια είχε πλεύσει προς το νησί με σκοπό να επιτεθεί, μόλις δώσουν το σύνθημα αυτοί που είχαν μπει στο Κάστρο. Έτσι κι έγινε, και για τρεις ημέρες οι Μαλακάσιοι προσπαθούσαν να καταβάλουν την αντίσταση του Θωμά Πρελούμπου. Οι Καστρινοί τότε πήραν τα καΐκια τους και οπλισμένοι αποφάσισαν να διώξουν μόνοι τους τους επιδρομείς. Έτσι ανοίχτηκαν στη λίμνη και άρχισε εκεί μια θεαματική καϊκομαχία, με αποτέλεσμα να διώξουν τους Μαλακάσιους και να αιχμαλωτίσουν όσους είχαν καταφύγει στο νησί και όσους είχαν ήδη περάσει μέσα στο Κάστρο. Οι Καστρινοί με τη θεαματική καϊκομαχία τους έσωσαν την πόλη και τα υπάρχοντά τους και ο Θωμάς ξέσπασε όλη του την αγριότητα στους αιχμάλωτους της μάχης. Η δεύτερη καϊκομαχία έγινε πάλι από τον ίδιο Γιάννη Σπάτα το 1389, αφού στο μεταξύ ο Θωμάς είχε δολοφονηθεί και τη διακυβέρνηση είχε αναλάβει ο Ιζαούλος (Ησαύ Μπουοντελμόντε). Η επίθεση εναντίον του Κάστρου έγινε πάλι από τη λίμνη, αφού ο Σπάτας στο μεταξύ είχε ναυπηγήσει δύο πλοία. Τότε άρχισε η δεύτερη καϊκομαχία και οι Γιαννιώτες διέτρεξαν μεγάλο κίνδυνο. Ο Ιζαούλος τότε ζήτησε βοήθεια από τον Τούρκο Βογιαζίτ, και ο Σπάτας μόλις έμαθε την ενέργειά του αυτή εγκατέλειψε τον αγώνα και αποσύρθηκε